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AlphaFold：蛋白质结构预测推理实现
google-deepmind/alphafold · Open source code for AlphaFold 2.
ELI5：它是什么，解决什么问题
AlphaFold 是蛋白质结构预测模型的推理流程实现，包含单体结构预测、AlphaFold-Multimer 复合物预测、pTM 与 PAE 置信度输出，以及配套的遗传数据库下载脚本和 Docker 运行方式。安装需 Linux 环境、NVIDIA GPU，完整数据库下载约 556 GB，解压后约 2.62 TB。
核心能力与快速开始
★ 14914 · Python
- 能做什么
- 提供 AlphaFold v2 推理流程，支持 monomer、monomer_casp14、monomer_ptm 和 multimer（AlphaFold-Multimer）等模型预设；输出蛋白质结构预测，并可通过 pTM 模型输出 pTM 和 PAE 置信度；附带完整/精简遗传数据库下载脚本，支持通过 Docker 构建和运行预测。
- 适用场景
- 根据 FASTA 蛋白质序列预测三维结构；使用 AlphaFold-Multimer 预测多序列复合物结构；在 CASP 等场景中进行结构预测与置信度评估；作为蛋白质结构研究中的推理基线。
- 项目形态
- 研究实现
- 部署方式
- 需要 Linux 操作系统；通过 Docker 构建镜像并运行 run_docker.py；官方说明也提及 Singularity 社区方案。
- 主要依赖
- 需要 Linux、现代 NVIDIA GPU、Docker 与 NVIDIA Container Toolkit；完整安装需最多 3 TB 磁盘空间（推荐 SSD）；full_dbs 预设需下载约 556 GB、解压后约 2.62 TB；reduced_dbs 预设需 8 CPU 核心、8 GB 内存和 600 GB 磁盘空间；官方测试环境为 12 vCPU、85 GB RAM、3 TB 数据盘和 A100 GPU。
- 使用限制
- 不支持非 Linux 操作系统；AlphaFold-Multimer 被描述为进行中的工作，稳定性预期低于单体 AlphaFold；未提供与 CASP14 完全相同的数据库版本；未说明 API 成本、限制或商用授权范围；代码使用 Apache-2.0，参数与 CASP15 数据使用 CC BY 4.0，使用相关成果需引用 AlphaFold 论文，适用时还需引用 AlphaFold-Multimer 论文。
- 许可证
- Apache-2.0
- 最近推送
- 2026-04-23 01:58
资料检查：2026-10-30 07:00 · 卡片整理：2026-11-02 07:00
卡片由 AI 根据仓库资料整理，未进行安装或运行验证
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