用 Google Antigravity 加速抗菌肽的搜索
Google 推出了一款叫 Antigravity 的智能开发平台,科学家可以用它来寻找新型抗菌肽(一种有望替代传统抗生素的天然分子)。过去,研究人员要在多个数据库之间来回查找、手动导出文件做结构分析,还要靠专家团队设计实验,过程又慢又零散。这次他们展示了 Antigravity 结合 ProtNLM 模型的用法:ProtNLM 能直接根据氨基酸序列预测蛋白质功能,帮助扫描 UniProt 里数百万个功能未知的蛋白质,从“暗物质”中找到候选分子。演示中,研究人员找到了一个对呼吸道感染病原体有预测活性的抗菌肽候选物,目前正在进行湿实验室验证。对读者来说,这意味着将来找新药可能从几天繁琐的数据库检索变成一次人机协作的对话式探索,不过该候选物尚未证实有效,平台的具体开放状态原文也未说明。
文中可用工具
- Google Antigravity智能化的科学工作台,让研究人员用对话方式跨数据库搜索并评估候选蛋白质
- ProtNLM根据氨基酸序列预测蛋白质 biological 功能的深度学习模型
- UniProt全球领先的蛋白质序列与功能信息公共数据库,含数百万功能未知的条目
- Biomolecular Structure Viewer嵌入 Antigravity 的 3D 可视化工具,用于查看和分析蛋白质结构
- AlphaFold Database提供蛋白质结构预测的数据库,供 agent 检索结构
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